В ходе переговоров с немцами Бур-Комаровский не согласился с их предложением полностью прекратить сопротивление на всей территории Польши, однако заметил, что «немецкое военное руководство не будет иметь со стороны Армии Крайовой особых трудностей». В то же самое время по округам Армии Крайовой идет специальная секретная телеграмма о прекращении «расконспирации перед Красной армией и уходе в подполье». По некоторым данным, переговоры Бур-Комаровского с фон дем Бахом устраивал все тот же майор абвера Христиансен, с которым Бур-Комаровский контактировал еще перед началом восстания.
Накануне капитуляции президент В. Рачкевич неожиданно назначил генерала Бур-Комаровского главнокомандующим всеми войсками, подчиненными эмиграционному правительству, что вызвало шок даже у офицеров Армии Крайовой. Так добровольно сдающийся в плен Бур-Комаровский стал национальным героем, который спустя некоторое время после восстания был представлен к высшей польской государственной награде – кресту «Виртути Милитари» II класса.
Хотя о капитуляции было объявлено в сообщении вермахта 28 сентября, путь к общей капитуляции Армии Крайовой открылся лишь после заверения фон дем Баха, что с повстанцами будут обращаться как с военнопленными, а не партизанами, которых обычно казнили.
В итоге преемник Бур-Комаровского генерал Л. Окулицкий издал приказ всем отрядам Армии Крайовой прекратить операцию «Буря» и перейти к ограниченным действиям по обороне и самообороне в рамках операции «Дождь». Сам Бур-Комаровский капитулировал 2 октября. 15 тысяч оставшихся в живых бойцов, в том числе две тысячи женщин, сдались в плен. Действительно, эсэсовец фон дем Бах-Залевски сдержал слово, благодаря чему избежал экзекуции после Нюрнбергского процесса: поляки не были расстреляны, а направлены в лагеря для пленных. К тому моменту от Варшавы осталась лишь груда обгоревших руин. 16 тысяч повстанцев погибли, более 150 тысяч мирных жителей были убиты эсэсовцами и полицаями. А еще 150 тысяч оставшихся в живых эвакуировались из города. Те, кому не удалось бежать, попали в сборные лагеря, а затем на работы в рейх.
После того как генерал Бур-Комаровский вручил сотруднику абвера свое политическое завещание с просьбой передать его имперскому правительству, его поместили в офицерский лагерь № 73, расположенный в Лангвассере близ Нюрнберга, где его позже неоднократно посещали гестаповские референты по польским делам. Удивление вызывало то, что Бур-Комаровский сдался, даже не попытавшись уйти к союзникам. Вскоре поползли слухи: Бур-Комаровский создает новую Армию Крайову из 200 тысяч человек, чтобы вместе с немцами бороться против большевизма…
Так или иначе, но в октябре 1944 года нацисты ликовали и праздновали свою последнюю победу на руинах Варшавы. До освобождения польской столицы советскими войсками 17 января 1945 года оставалось еще много страшных дней и ночей.